A trama se passa em um mundo onde a humanidade não mais vive no solo; gigantes insetos apareceram do nada e dizimaram boa parte da população, e para escapar deles os humanos construíram cidades flutuantes em altitudes elevadas. Com o intuito de se prevenir de possíveis ataques, existe uma escola especial, de nome Mistgun, dedicada a treinar as poucas pessoas que são capazes de usar magia, uma vez que armas normais são ineficientes no combate aos insetos.Kanata Age é um jovem que vive nesse local; ele antigamente era celebrado como um combatente de elite do pelotão especial S128, entretanto hoje é desprezado e chamado de “traidor” por todos. Certo dia, Kanata é designado a ser instrutor do E601, uma equipe em más condições que já sofreu dez derrotas consecutivas em batalhas preparatórias. Formado por três garotas, que são Misora Whitale, Lecty Eisenach e Rico Flamel, cada qual tem suas peculiaridades e falhas e caberá a Kanata resolvê-las para melhorar a reputação do pelotão.