No ano de 2071, o mundo quase que totalmente foi devastado por misteriosas criaturas conhecidas como Aragami, sendo que uma organização chamada Fenrir foi criada com a missão de extermina-las. Armamentos convencionais não causam danos aos Aragami, logo os membros dessa organização, intitulados “God Eaters”, usam armas de nome “God Arcs” montadas a partir de células do inimigo. Normalmente os God Eaters podem controlar apenas um dos dois tipos de God Arcs existentes, que são em forma de lâmina ou arma de fogo; porém, recentemente foram descobertas pessoas capazes de alternar entre os dois tipos, e o protagonista, um jovem recém admitido na Fenrir, é um deles.