Após os eventos da série Blue Dragon, Shu e Bouquet aderem a um grupo de resistência para lutar contra o exército de invasão do general Rogi. Eles encontram uma criança misteriosa, Noi, que tem o poder de reviver a sombra de Shu contra-parte Blue Dragon , e salvá-lo da perseguição do Red Dragon. Agora Shu e sua empresa têm que colocar os pés novamente em uma jornada para descobrir o propósito dos dragões, passar por seus testes e interromper as cadeias de eventos que ameaça o destino da humanidade.
