B-Daman Crossfire é sobre a história de Riki Ryugasaki, um garoto que descobre um jogo chamado B-Daman. Um dia, ele encontra um B-Daman que se chama, Thunder Dracyan. Thunder Dracyan é habitado por um B-Animal, onde as bestas místicas estão presas na forma de uma figura B-Daman. Riki logo descobre que Dracyan, é um B-Animal que faz parte dos Dragões Lendários, especificamente o "Dragão Azul". Seu amigo e rival, Samuru Shigami também tem um desses Dragões, o "Dragão Branco" em seu Raio Dravise. Juntos, eles descobrem um mistério e lendas sobre esses Dragões e outros planos por certos indivíduos que buscam a hegemonia através deles. Como resultado, Riki e Samuru participarão mais ainda do Cross Fight, aprendendo vários novos tipos de jogos, mecânica e tal tempo como eles planejam para frustrar qualquer B-Tacada que desejam dominar o mundo. Ao mesmo tempo, eles se encontram com amigos e inimigos no que culmina em B-Daman Crossfire.
