Após uma cidade ser aniquilada, Yuki uma jovem que diz ser a única sobrevivente e Takuya um contrabandista solitário, seguem juntos uma carta deixada pelo pai de Yuki. Eles vão em direção à cidade, agora conhecida como Lost, entretanto diversos obstáculos inesperados aparecem no caminho deles. Organizações secretas e conspirações escondidas aguardam Yuki e Takuya enquanto se aproximam do mistério por trás de Lost.
