Kurokami Medaka, uma caloura, é eleita a presidente do conselho estudantil do colégio Hakoniwa, e a primeira coisa que ela fez é criar uma caixa de sugestões. Aceitando qualquer pedido de qualquer pessoa, ela começa a tentar resolver por conta própria os problemas dos alunos do colégio, é ai que ela pede a ajuda do seu amigo de infância Hitoyoshi Zenkichi. Na caixa de sugestões são encontrados desde os mais ridículos pedidos, até pedidos sérios e importantes, como problemas no clube de Kendo, casos de roubo e organização de competições, dentre outros, os únicos capazes de resolver esses pedidos mais complicados serão a Medaka e o Zenkichi (contra sua vontade), mas como eles resolvem isso? Ai vocês terão que ver por si mesmos…