Aizawa Ayumu é um jovem, que é enviado para uma pequena cidade chamada Tana para viver com seu pai por um tempo. Mesmo não querendo ir, ele concorda quando sua mãe lhe oferece uma Mountain Bike. Ayumu morava em Tana antes, e agora suas lembranças de quando morava na cidade são um mistério. Adiciona Miku, uma garota que sabe mais do que aparenta, estranhas luzes brilhantes flutuantes, reflexos de objetos estranhos nos olhos de cães e gatos, uma intrometida, uma floresta com um passado misterioso e um menino estranho chamado Wakkun, que veste a roupa usada por Ayumu de quando ele era criança, e esse é o mundo de Zettai Shonen, onde mistérios permanecem mistérios no meio de um cotidiano normal e calmo.