Clannad tem como cenário um colégio japonês e conta a história de um "delinquente" chamado Tomoya e uma linda menina chamada Nagisa, eles estudam na mesma escola e começam a se aproximar cada vez mais. O anime trata de temas como os laços entre as pessoas e usa a amizade desse rapaz com as garotas do seu colégio como trunfo.