A história se passa em um mundo onde, após um grande conflito entre feiticeiros e humanos normais que quase dizimou a população do segundo, uma organização chamada “Inquisição” é a encarregada em investigar e controlar pessoas usuárias de magia e qualquer incidente que envolva mágica. Também é de sua responsabilidade a “AntiMagic Academy”, um local dedicado ao treino de futuros Inquisidores que usa um sistema no qual os alunos são divididos em pelotões e, para cada um passar de ano, estes devem alcançar uma quantidade mínima de pontos ao realizarem missões em torno do uso de magia.Ostentando a fama de ser o pior dos grupos existentes por não ter pontuado até o momento, o 35º Test Platoon é liderado por Takeru Kusanagi, um desajeitado e ridicularizado rapaz que leva certa desvantagem entre seus colegas de escola porque, enquanto estes usam armas de fogo para combater magia, ele só consegue lutar empunhando uma espada; e é de tal sujeito no posto de capitão, que possui ainda as garotas Usagi Saionji e Ikaruga Suginami sob seu comando, que Ouka Ootori se verá obrigada a receber ordens. Pessoa mais jovem a ter se tornado uma Inquisidora, ela foi dispensada pela organização devido ao seu comportamento durante as missões, e agora deverá se juntar a esse pelotão apesar da enorme diferença que há nas suas habilidades em comparação com as de seus novos e fracassados companheiros.