O cenário de “Valkyrie Drive: Mermaid” são cinco ilhas artificiais, e a “sereia” Mamori mora em uma delas. Ela sofre um ataque, vá saber como e de quem, e nisso a garota recém transferida Mirei tenta salva-la; a situação para as duas não fica boa, e, quando tudo parecia perdido, Mirei beija Mamori e essa última se torna uma espada, que a outra garota usa para atacar o inimigo.
