A história se passa em um futuro próximo onde existem monstros que são chamados de “phantoms”. O personagem principal, Haruhiko Ichijou, é um estudante do primeiro ano da Hosea Academy que tem como colegas a Mai Kawakami, garota que combate phantoms usando a habilidade “Spirit of Five Elements”; Reina Izuma, possuidora do “Phantom Eater”; e Koito Minase, que luta sozinha. Eles experimentam vários contratempos em suas vidas escolares até ocorrer certo incidente que os levará a conhecer a verdade por trás do mundo no qual vivem.
